События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет её прямиком на Землю. Падение её вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон...
Школьница Кото Хосино, которая увлекается косплеем, случайно запечатывает богиню Солнца Аматерасу и попадает в другой мир. Чтобы вернуться обратно, Кото нужно помочь местным жрицам уничтожить силы зла, которые удерживают Аматерасу....
После гибели под колёсами поезда метро подросток Кэй Куроно становится частью посмертной игры, в которой ему и другим недавно погибшим людям придётся выслеживать и убивать пришельцев. Каждая миссия может закончиться окончательной смертью охотников, а на смену погибшим придут новые ганцеры....