События происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет её прямиком на Землю. Падение её вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон...
По легенде, много веков назад злое божество по имени Ороти попыталось разрушить человеческий мир, однако защитницы человечества, Солнечная Мико и Лунная Мико, сумели совладать с чудовищем и на тысячелетия запереть его внутри Луны....